在蔡英文政府上台後，轉型正義工程沸沸揚揚的啟動，對原住民族而言，成敗尚待觀察。在政權輪替前確定即將設立的國家級原住民族博物館，也可視為歷史正義的一環。 10 月下旬台大原住民族研究中心舉辦其年度公共論壇，「誰的文物？文物返還要不要？原住民族文物、原民社群與博物館的三方關係」，即邀請博物館學界、實務界、部落文化傳承者、政府代表等與會，與參與者一同討論這樣糾結的歷史議題。
歷史正義
過去 400 年的漢人與原住民的衝突史，福佬人無疑是開啟衝突的主要戰犯。 福佬人透過「開墾」（如：三張犛、六張犛）、設城（如：頭城、二城、頭結、二結、三結）、立牆（如：木柵）等方式，侵佔原本屬於原住民的土地；也使人數也相對少的客家人，在閩粵械鬥之下，只能在桃園、新竹、苗栗、美濃六堆、花東等山區內的小平原、丘陵、山坡落腳，再度排擠原住民往深山、東部的地區移動。
蔡英文總統在 8 月 1 日原住民日，代表政府進行向原住民族道歉的儀式，但遴選原住民代表的方式引起爭議，被批評是「朝貢式」的道歉，而讓不接受道歉表達抗議族人被阻攔在外面。在總統府內，彷彿只見總統面向原住民族的單向關係，不見總統的高度，透過道歉的誠意喚起大眾關注原住民族轉型正義。
2016 年 8 月 1 日原住民族日，總統蔡英文於總統府，以總統身分代表政府，對原住民族過去歷經不同政權的不公平待遇，公開表示道歉。 蔡英文道歉中有幾大重點，整理如下：
「歷史道歉的追溯就是要往原住民何時被殖民的階段開始，因為任何殖民者都繼承了過去的歷史，應該去承擔這個責任。此外，還有很多『不為人知的歷史』一直被排除在聯邦的規範之外，我們很多的事情都被排除在外，因此在道歉之後，原住民跟政府間之間的合作模式要持續，而原住民本身也要長期的進行行動與遊說。」 （加拿大 Métis 原住民族議會主席 Clément Chartier）（註1）
「我是漢人嗎？」 去年夏天有機會參與原住民文學營，當時錄取 42 位原住民，而我被列進 7 位非原民的名單內。新詩創作課由瓦歷斯‧諾幹老師帶領，我被點名站起來時，老師就問我是哪一族的，我直覺說我不是原住民，老師接著笑笑地問「是漢族嗎？」 當時我一時愣住了，旁邊原住民同學以為我沒聽懂還幫忙複頌一次，為了趕快坐下，於是我傻傻地點頭。